Svaz německých židů, založený v dubnu 1904, sloužil jako zastřešující organizace pro židovské skupiny v Německu. Svůj hlavní úkol svaz spatřoval v politickém zastupování zájmů všech německých židů bez ohledu na jejich náboženskou a sociální orientaci vůči státu a jeho orgánům. Cílem bylo dosáhnout uznání a právní rovnoprávnosti židů v Německu a bránit se proti antisemitským útokům. Během první světové války svaz organizoval židovské vojenské duchovní péče.
Během svého působení ve Svazu německých židů se Johanna Nathan seznámila nejen s Leo Baeckem, který se stal důležitým pro její profesní dráhu, ale také s Paulou Glück. Paula Glück se narodila v roce 1883 a stejně jako Johanna Nathan vyrůstala v sirotčinci. Obě ženy se spřátelily. O svátcích spolu chodily na bohoslužby a od roku 1913 spolu bydlely.
Po zrušení Spolku německých židů v roce 1922 přešla Johanna Nathan do Společnosti pro podporu vědy o židovství. Ve svém posledním zaměstnání pracovala jako referentka pro Vysokou školu vědy o židovství. Jedním z jejích úkolů bylo potvrzovat vrácení vypůjčených knih. Johanna Nathan a Paula Glück byly 12. března 1943 deportovány do Osvětimi a zavražděny.
Záchrana “Germania Judaica”
Ačkoli se nezachovala žádná fotografie Johanny Nathan, je dobře zdokumentováno její odvážné nasazení při uchovávání spisů o židovských dějinách – čin nesmírně důležitý vzhledem k tehdejšímu systematickému přivlastňování židovské historiografie nacistickým režimem.
Jedním z nejdůležitějších základních děl o německo-židovských dějinách je tzv. „Germania Judaica“. První svazek vyšel v období mezi světovými válkami, další svazek byl plánován. Poté však přišel listopadový pogrom, během něhož byla kancelář nakladatele zničena. Všechny poznámky a články ke knize byly zničeny nebo odvezeny a zdálo se, že tato rozsáhlá přípravná práce je nenávratně ztracena. K velkému překvapení všech se však po letech ukázalo, že značnou část článků zachránila Johanna Nathan. V roce 1958 Zvi Avneri popsal, jak Johanna Nathan tyto cenné poznámky zachránila:
„Do listopadu 1938 bylo přijato zhruba 400 článků; poté byla práce přerušena pogromy, po nějaké době opět obnovena a postupně se zastavila kvůli emigraci redaktorů, většiny zaměstnanců a redakčního tajemníka. Život slečny Ottenheimer skončil v koncentračním táboře. Krátce před vypuknutím 2. světové války byla kancelář společnosti uzavřena gestapem a veškerý materiál v ní zabaven, včetně článků knihovny Germania Judaica, které redigovali Aron Freimann a Adolf Kober. Přes veškerou snahu se je dosud nepodařilo znovu nalézt. Před třemi lety se však většina článků (odhadem asi 80 procent) náhle objevila v neopravených exemplářích, jak je autoři poslali nebo přepsali na psacím stroji v kanceláři společnosti. Zásluhou slečny Johanny Nathan, dlouholeté sekretářky společnosti, se tento materiál podařilo zachránit; jinak by dnes dokončení Germania Judaica nebylo možné. Než Eugen Mittwoch, poslední předseda společnosti, opustil Německo, dostala slečna Nathan šťastný nápad odvézt články z kanceláře společnosti k němu domů, a tak se v roce 1939 dostaly do Londýna i s jeho knihovnou. Po smrti Eugena Mittwocha ukázala jeho vdova články Dr. Leu Baeckovi, který jako místopředseda společnosti projevoval o Germania Judaica po mnoho let velký zájem. Okamžitě rozpoznal její hodnotu a s jeho souhlasem byly všechny materiály v roce 1954 uloženy v Židovském historickém archivu v Jeruzalémě. Dokončení díla se od té doby ujal Institut Leo Baecka a přípravnými pracemi pověřil autora těchto řádků. Institut tím do jisté míry prohlásil, že se považuje za dědice Společnosti pro rozvoj vědy o židovství, a převzal s tím spojený závazek dokončit její poslední dílo.“ (Zdroj: Bulletin Institutu Leo Baecka v Jeruzalémě (1958), číslo 2/3, strana 115)
Díky odvážnému zásahu Johanny Nathan byla dlouho plánovaná kniha nakonec přece jen vydána, i když až po 30 letech.
„Židovská práce té doby byla prací sama o sobě. Dalo by se to nazvat legální prací v podzemí, vždy legální, ale tajnou. Taková práce se dá dělat jen tehdy, když existují lidé, na které se můžete absolutně spolehnout, spolehnout se na jejich věrnost a loajalitu a odhodlání. Takovými lidmi byly především sekretářky, jak se jim odborně říká. Mají-li se zde a v Německu oživit vzpomínky, je třeba zmínit dvě jména, židovské osudy v Německu: Paula Glück a Johanna Nathan, dvě osiřelé dívky, jedna z Pomořan, druhá z Poznaně, vychované společně v berlínském sirotčinci. Jakou velikost pro dobro židovské práce nesly tyto dvě slabé ženy v oněch strašných letech na svých bedrech. Ani ony by neměly být nikdy zapomenuty.“