Po řadě různých prací, mimo jiné v továrně na obuv, nastoupil Hans Erich Fabian v říjnu 1938 na místo tajemníka na Vysoké škole vědy o židovství. Tam se seznámil s Jenny Wilde, vedoucí knihovnicí, jejíž profesní působení a osobnosti si velmi vážil – což dokládá i citlivý nekrolog, který napsal o deset let později.
Konec a obnova v Berlíně
S vypuknutím druhé světové války se Fabianova osobní i profesní situace vyhrotila. Našel si práci v Říšském sdružení židů v Německu, organizaci zřízené národními socialisty za účelem kontroly židů. V roce 1943 byl Fabian se svou rodinou deportován do terezínského ghetta. Navzdory tamním extrémním podmínkám přežil a po skončení války se vrátil do Berlína. Zapojil se do obnovy židovské komunity a založil noviny „Der Weg“ (Cesta), které byly důležitým zdrojem informací pro přeživší židy. Titul odráží nejistotu židovského života v poválečném Německu: Bylo zcela nejasné, zda cesta povede k obnově Německa nebo k emigraci.
Fabian také publikoval v izraelských a amerických novinách a hovořil na konferencích o situaci židů v Berlíně a o možnostech jejího zlepšení. Nakonec se však sám rozhodl emigrovat, s těžkým srdcem a především z ohledu na svou rodinu, jak píše jeho přítel Ernst G. Loewenthal. Neboť v Německu neměli židé již žádnou budoucnost. V roce 1949 se Fabian přestěhoval do New Yorku, kde žil až do své smrti v roce 1974.
„Když jsem ráno 9. listopadu procházel ulicemi, viděl jsem zničené židovské obchody, viděl jsem, jak židovští majitelé čistí ulice od rozbitého skla a snaží se chránit to, co nebylo zničeno nebo vyrabováno. Brzy jsem se také doslechl o požárech synagog a demolici bytů. Nová synagoga v ulici Oranienburger Straße a místnosti Židovské obce nebyly sice poškozeny, ale ostatní synagogy byly vypáleny nebo ještě stále hořely.“