Stejně jako mnozí další zde uvedení byl současně zapsán na Vysokou školu vědy o židovství a po určitou dobu navštěvoval také ortodoxní rabínský seminář. To možná naznačuje, co se mělo stát pro akademickou kariéru Eugena Täublera tak důležitým – jeho hluboké zakotvení v obecných dějinách a německé akademii a jeho výrazný zájem o židovské dějiny a kulturu.
Täubler spolupracoval na velkých edičních projektech se známými historiky, jako byli Theodor Mommsen (1817–1903) a Adolf v. Harnack. Po své promoci v oboru starověkých dějin v roce 1904 se Täubler stal ředitelem nově založeného Souborného archivu německých židů. Jeho cílem bylo vybudovat sbírku archiválií k dějinám německých židů, která byla nezbytná pro provádění historického výzkumu dějin německých židů. Täubler v této funkci oficiálně setrval až do roku 1919. Zároveň se stal docentem na Vysoké škole vědy o židovství a vyučoval zde dějiny, mimo jiné dějiny židů v Prusku. Nadále se zajímal o problematiku archivu a edici historických pramenů. Kromě výuky a práce na budování archivu pokračoval ve vlastním výzkumu dějin starověku.
Během první světové války sloužil jako voják na východní frontě, kde byl zraněn, a musel proto v roce 1916 ukončit vojenskou službu a vrátit se do Berlína. V roce 1918 se v Berlíně habilitoval a v roce 1919 se ujal dalšího významného úkolu: Založení Akademie pro studium židovství. Täubler vypracoval široce založený program systematického výzkumu židovských dějin. Záměr byl velký, finanční zdroje omezené (stejně jako univerzita byla akademie financována výhradně z darů), a tak mohla akademie zpočátku zahájit svou činnost jen v některých dílčích oblastech a s malým počtem vědců a jednou vědkyní – Selmou Stern. Täubler a Stern se sblížili a v roce 1927 se vzali.
Již v roce 1922 Täubler akademii opustil a přijal místo profesora starověkých dějin na univerzitě v Curychu. Od roku 1925 působil jako profesor na univerzitě v Heidelbergu. Když byli na počátku národního socialismu židé vyloučeni z univerzit a akademických institucí, Täubler tomu předběhl tím, že na protest proti postoji vedení heidelberské univerzity odstoupil ze svých funkcí, například v heidelberské Akademii věd. Täubler se vrátil do Berlína, kde v letech 1938 až 1941 vyučoval na univerzitě.
Na jaře 1941 se mu – na poslední chvíli – podařilo s manželkou Selmou Stern uprchnout z Německa. Odjeli do Cincinnati, kde Täubler získal místo výzkumného profesora na Hebrew Union College. Täubler se do Německa již nikdy nevrátil. Zemřel v roce 1953 v exilu.