Wie viele andere hier Genannte war er zeitgleich in der Hochschule für die Wissenschaft des Judentums eingeschrieben und besuchte zeitweise auch das orthodoxe Rabbiner-Seminar. Hier deutet sich vielleicht schon an, was für Eugen Täublers akademische Karriere so bedeutsam werden sollte – seine tiefe Verankerung in der allgemeinen Geschichte sowie der deutschen Akademie und sein ausgeprägtes Interesse an jüdischer Geschichte und Kultur.
Täubler arbeitete mit bekannten Historikern wie Theodor Mommsen (1817-1903) und Adolf v. Harnack an großen Editionsprojekten zusammen. Nach seiner Promotion auf dem Gebiet der Alten Geschichte im Jahr 1904 wurde Täubler der Leiter des neu gegründeten Gesamtarchivs der deutschen Juden. Das Ziel war es, eine Sammlung von Archivalien zur Geschichte der deutschen Juden aufzubauen, die grundlegend war, um historische Forschung zur Geschichte der deutschen Juden betreiben zu können. Täubler verblieb offiziell bis 1919 in dieser Rolle. Zeitgleich wurde er Dozent an der Hochschule für die Wissenschaft des Judentums und unterrichtete dort Geschichte – u.a. die Geschichte der Juden in Preußen. Dabei interessierten ihn weiterhin Fragen von Archiv und der Edition von historischen Quellen. Neben der Lehre und der Arbeit am Aufbau des Archivs setzte er seine eigenen Forschungen zur Altertumsgeschichte fort.
Im Ersten Weltkrieg diente er als Soldat an der Ostfront, wo er verletzt wurde und daher 1916 seinen Armeedienst beenden musste und zurück nach Berlin kehrte. 1918 habilitierte er sich in Berlin und nahm 1919 eine weitere große Aufgabe auf sich: Die Schaffung einer Akademie für die Wissenschaft des Judentums. Täubler entwarf ein breit angelegtes Programm, um die jüdische Geschichte systematisch zu erforschen. Das Vorhaben war groß, die finanziellen Mittel begrenzt (wie auch die Hochschule war die Akademie allein aus Spenden finanziert) und so konnte die Akademie ihre Arbeit vorerst nur in Teilbereichen und mit wenigen Wissenschaftlern und einer Wissenschaftlerin beginnen – Selma Stern. Täubler und Stern wurden ein Paar und heirateten 1927.
Schon 1922 kehrte Täubler der Akademie den Rücken zu und nahm eine Professur in Alter Geschichte an der Universität Zürich an. Seit 1925 war er Professor an der Universität Heidelberg. Als zu Beginn des Nationalsozialismus Juden aus den Universitäten und akademischen Einrichtungen ausgeschlossen wurden, kam Täubler diesem zuvor und trat aus Protest gegen die Haltung der Heidelberger Hochschulleitung von seinen Posten, so z.B. in der Heidelberger Akademie der Wissenschaften, zurück. Täubler kehrte nach Berlin zurück, wo er von 1938 bis 1941 an der Hochschule unterrichtete.
Im Frühjahr 1941 – in letzter Minute – gelang es ihm und seiner Frau Selma Stern, aus Deutschland zu entkommen. Die beiden gingen nach Cincinnati, wo Täubler eine Forschungsprofessur am Hebrew Union College erhielt. Täubler kehrte nie nach Deutschland zurück. Er starb 1953 im Exil.