לאחר התיכון, הקדיש לבקוביץ מאמצים רבים בלמידת התלמוד עם אביו, והרחיב את ידיעותיו באוניברסיטה ע"ש הומבולדט בברלין, שם גם קיבל תואר דוקטור. את הסמכתו לרבנות קיבל ב-1903 בסמינר התיאולוגי היהודי בברסלאו (כיום ורוצלב, בפולין).
בשנים 1904-1913 כיהן לבקוביץ כרב בקהילת שניידֶמיל (כיום פּילה, בפולין), שמנתה 800 חברים. גישתו הליברלית, השקפותיו על היהדות וגישתו לתפיסת העולם המודרנית הביאו לו פרסום, מה שהוביל אותו לעבור לברלין, שם עבד כרב ודרשן בבית הכנסת ברחוב לֶבֶצוֹשטראסה, ובמקביל גם כמורה. בברלין המשיך בעבודתו בתחום החינוך היהודי, ובנוסף לעבודתו כרב קהילתי, לימד בבית המדרש.
ב-8 במארס 1943 נלקחו הוא ואשתו סלמה מדירתם ונשלחו לאושוויץ בַּמשלוח שזכה לכינוי "אוֹסט-טרנספורט מס' 36", שם נרצחו.