בשנים 1915 עד 1918 לחם שפאנייר במלחמת העולם הראשונה. לאחר המלחמה, ב-1920, קיבל תואר דוקטור לפילוסופיה. עבודת הדוקטורט שלו עסקה בפילוסוף אלבינוס, מן הזרם האפלטוני.
שפאנייר עבד בספרייה הממלכתית הפרוסית, ושם בנה לעצמו מוניטין כראש המחלקה ליוּדַאִיקה והֶבּרַאִיקה בין השנים 1926-1935. מחקריו ופרסומיו – ובמיוחד הערכים שכתב ללקסיקון היהודי (The Jewish Lexicon) ועבודותיו על התוספתא ועל טעמי המקרא בַּמָסוֹרָה – תרמו רבות להבנתם של טקסטים יהודיים ומסורות יהודיות.
לאחר שעלו הנאצים לשלטון, הוא פוטר ב-1935 ממשרתו בספריה ונאלץ לוותר על המשך הקריירה האקדמית שלו בגרמניה. הוא המשיך ללמד תלמוד בבית המדרש, אך רדיפות הנאצים רק החריפו. שפאנייר נעצר בליל הבדולח, בנובמבר 1938, ונכלא למספר שבועות במחנה הריכוז זאקסֶנהַאוּזֶן. אף שהוצעה לו משרה בהיברו יוניון קולג' בסינסינטי, הוא לא הצליח לצאת מגרמניה, מפני ששגרירות ארה"ב סירבה להנפיק לו אשרה.
בשנת 1939 נסע שפאנייר להולנד, בתקווה לקבל שם אשרת כניסה לארה"ב, אך בקשתו זו נדחתה על ידי הקונסוליה האמריקאית שם. לאחר כיבוש הולנד בידי הצבא הגרמני, נשלח שפאנייר למחנה המעבר וֶסטֶרבּוֹרק ב-1942. במארס 1944 נשלח שפאנייר ממחנה וסטרבורק למחנה הריכוז בֶּרגֶן-בֶּלזֶן, שם ונרצח.