הוא ראה את משימתו העיקרית בייצוג האינטרסים הפוליטיים של יהודי גרמניה מול המדינה ורשויותיה, ללא קשר לתפיסתו הדתית והחברתית של כל יהודי ויהודי. מטרותיו של גוף זה היו השגת שוויון בפני החוק לכל יהודי גרמניה והגנה מפני התנכלויות והתקפות על רקע אנטישמי. בשנות מלחמת העולם הראשונה דאג איגוד היהודים הגרמנים לגיוסם של רבנים צבאיים עבור החיילים היהודים (אחד מהם היה ליאו בק).
במהלך שנות עבודתה באיגוד, התוודעה יוהאנה נתן לא רק אל ליאו בק, שעתיד היה להפוך לדמות מרכזית בקריירה המקצועית שלה, אלא גם אל פאולה גלוק. גלוק נולדה בשנת 1883, וכמו נתן גדלה בבית יתומים. בחגים הן נהגו ללכת יחדיו אל בית הכנסת, ומשנת 1913 הן התגוררו יחדיו.
לאחר שאיגוד היהודים הגרמנים פורק בשנת 1922, עברה נתן לעבוד ב"חברה לקידום מדע היהדות". במשרתה האחרונה עבדה בבית המדרש. אחד מתפקידיה היה לקבל ספרים שהקוראים שאלו מן הספרייה. נתן וגלוק נשלחו לאושוויץ ב-12 במארס 1943 ונרצחו שם.
הצלת סדרת הספרים "גרמניה יודאיקה"
אף ששום תצלום של יוהאנה נתן לא שרד, פעולתה האמיצה לשימור מקורות על ההיסטוריה היהודית מתועדת היטב – וזהו מעשה בעל חשיבות עצומה לאור המאמצים השיטתיים שעשו הנאצים לנכס לעצמם את כתיבת ההיסטוריה היהודית. אחת העבודות החשובות ביותר על תולדות יהודי גרמניה היא "גרמניה יודאיקה". הכרך הראשון הופיע בין מלחמות העולם, וכרך נוסף כבר היה בתהליכי תכנון. אבל אז אירע ליל הבדולח, וגם משרדו של המוציא לאור נפגע ונבזז. דומה היה שכל הרשימות והמאמרים לכרך השני הושמדו או נבזזו. אולם, להפתעתם הרבה של כולם, התברר שנים רבות לאחר מכן שחלק לא מבוטל מהרשימות והמאמרים ניצל בזכות נתן. בשנת 1958, תיאר צבי אבנרי כיצד הצילה נתן את החומר החשוב הזה:
עד חודש נובמבר 1938 התקבלו כ-400 מאמרים; אז נקטעה העבודה בשל "ליל הבדולח"; היא חודשה לאחר זמן מה, אך פסקה בהדרגה עקב הגירתם מגרמניה של העורכים, של מרבית צוות העובדים ושל מזכיר המערכת. […] מעט לפני פריצת מלחמת העולם השנייה סגרה המשטרה החשאית (הגסטאפו) את משרד המערכת, וכל החומר הכתוב שהיה שם הוחרם […]. על אף כל המאמצים, לא הצליחו למצוא את המאמרים האלה עד היום. תחת זאת צצו לפתע לפני שלוש שנים רוב המאמרים האחרים שנועדו לכרך השני של "גרמניה יודאיקה" […] בגרסאותיהם הלא ערוכות, כפי שאלה נשלחו למערכת בידי המחברים, או בַּגרסאות שהודפסו במשרד המערכת במכונת כתיבה, על-פי כתבי היד. את העובדה שהחומר ניצל יש לזקוף לזכותה של יוהאנה נתן […]. בלי ההישג הזה, הוצאת הכרך השני של "גרמניה יודאיקה" לא הייתה אפשרית היום. לפני שאוֹיגֶן מיטווֹך, היו"ר האחרון של ההוצאה, עזב את גרמניה, עלה בדעתה של יוהאנה נתן הרעיון המוצלח להביא את המאמרים ממשרד ההוצאה לדירתו הפרטית של מיטווך, וכך מצא החומר את דרכו ללונדון בשנת 1939, כחלק מספרייתו הפרטית. לאחר מותו של מיטווך, הראתה אלמנתו את המאמרים לד"ר ליאו בק […]. הוא הכיר מיד בערכם של הכתבים שהתגלו מחדש, ובהסכמתו הופקד כל החומר בארכיון הכללי ההיסטורי היהודי בירושלים בשנת 1954. מכון ליאו בק לקח על עצמו כעת את השלמת העבודה והטיל על מחבר שורות אלו את עבודות ההכנה. באמצעות הצעד הזה הצהיר על עצמו מכון ליאו בק במידת-מה כיורשהּ של החברה לקידום מדעי היהדות ובכך הוא נטל על עצמו את המחויבות הנלווית לזה, להשלים את הפרויקט האחרון של גוף זה. (עלון מכון ליאו בק, ירושלים (1958), גיליון 2/3, עמ' 115)
הודות ליוזמתה האמיצה של יוהאנה נתן, הספר שתוכנן לפני שנים רבות יצא בסופו של דבר לאור בכל זאת, אם כי באיחור של שלושים שנה.
"העבודה היהודית של התקופה הזו הייתה עבודה בפני עצמה. אפשר לכנות זאת "עבודה מחתרתית חוקית" – תמיד חוקית, אך מתנהלת בסתר. עבודה כזו יכולה להיעשות רק אם יש אנשים שאפשר לסמוך עליהם לחלוטין […]. האנשים האלו היו בעיקר המזכירות […]. אם רוצים להחיות זכרונות כאן בגרמניה, צריך להזכיר שני שמות, שמייצגים גורלות יהודיים בגרמניה: פאולה גלוק ויוהאנה נתן […] שגדלו יחד בבית יתומים בברלין. […] גם אותן אל לנו לשכוח לעולם."