בנערותה נאלצו בנות להסתפק בגישה מוגבלת מאוד להשכלה. בנוסף לכך, הייתה וִוילדֶה גם כבדת-שמיעה, ולכן לא יכולה היתה להתפרנס כמורה או כפקידה. על אף המכשולים הללו, היא מצאה את דרכה לעולם הספריות, שהיה באותן שנים תחום מקצועי חדש לנשים בגרמניה. את מִשרתה הראשונה מצאה בספרייתו הפרטית של סלומון נוימן, אחד ממייסדיו של בית המדרש.
בסביבות שנת 1910 החלה וִוילדֶה את עבודתה בספריית בית המדרש, ושם היא מילאה תפקיד מכריע. היא הייתה אחראית על פרויקט גדול: מיונו וסיווגו של מלאי הספרים לפי התקנות הפרוסיות – משימה שנמשכה 15 שנה. בשנת 1926 היא הפכה למנהלת הספרייה בבית המדרש, וכך הייתה כנראה לאישה הראשונה שעמדה בראש ספרייה אקדמית בגרמניה. תחת ניהולה של וִוילדֶה, הרחיבה הספרייה את שעות פעילותה, הגדילה את צוות העובדים והמשיכה להתרחב על אף התקציב המוגבל שעמד לרשותה.
וִוילדֶה הייתה ידועה באופייה החם והאימהי. היא תמכה בסטודנטים, במיוחד בסטודנטים ממזרח אירופה, בכך שהציעה להם לא רק עזרה אקדמית, אלא גם סיוע מעשי, כמו עזרה בבחירת לבוש מודרני יותר או הטלאת חולצות קרועות. הנס-אריך פביאן, אחד מעמיתיה לשעבר, יאמר עליה לימים: "עבור דור שלם של מלומדים, רבנים ומורים יהודים, הייתה ג'ני וִוילדֶה יותר מאשר 'השומרת על אוצרות הספרים בספרייה'; היא הייתה יועצת ומסייעת."
התנגדות בספרייה
בתקופת הנאצים, הפגינה וִוילדֶה יכולת אִלתור יוצאת-דופן. על אף שנאסר על ספריות יהודיות להחזיק ספרים מאת סופרים "ארים", ועל אף שהקשו על ספריות יהודיות לרכוש ספרים חדשים, הצליחו ג'ני וִוילדֶה והעוזרת שלה, אדל שפרלינג, לדאוג לכך שהספרייה תמשיך לתפקד. כך אִפשרה לקוראים יהודים להמשיך לקבל גישה לִספרים.
בשנת 1942, כשהנאצים סגרו את בית המדרש ורצו להחרים את תכולת הספרייה שלו, הספרים יקרי הערך ביותר כבר הוברחו מחוץ לגבולות גרמניה, הודות לוִוילדֶה ועמיתיה. הספרים הללו הופקדו בידי אלכסנדר גוטמן, פרופסור לתלמוד בבית המדרש בעל אזרחות הונגרית, שהצליח להימלט מגרמניה בשנת 1940. על אף הסכנה הגדולה שהייתה טמונה במעשה הזה מבחינתו, לקח עמו גוטמן את הספרים האלו, ובכך הצליח להצילם מפני הנאצים.
בשנת 1943 גורשה ג'ני וִוילדֶה לטרזיינשטט. שם עבדה בכפייה בקבוצה שכונתה "קומנדו תלמוד". קבוצה זו, שחבריה היו חוקרים, מלומדים ומומחים יהודים שנכלאו במחנה, אוּלצה על ידי הנאצים לסווג ולמיין ספרים, כתבים ומסמכים יהודיים שהוחרמו, כדי שאפשר יהיה להשתמש בהם לצורך "מחקרֵי היהודים" הנאציים. בנסיבות אלו עבדה וִוילדֶה בתנאים קיצוניים, ונאלצה להתמודד עם ניצול ציני של אהבתה לספרים ושל מומחיותה.
ג'ני וִוילדֶה הצליחה להישאר בחיים. לאחר שחרור טרזיינשטט במאי 1945, היא חזרה לברלין. כשהגיעה לברלין גילתה שלא נותרו לה כל אמצעים. ביתה היה הרוס ורכושה הולאם. מקום עבודתה, בית המדרש, לא היה קיים עוד. באחרית ימיה בברלין, היא התגוררה במעון לקשישים ששוחררו מהמחנות. רצונה היה להגר. היא קיבלה הזמנות מכל המקומות שאליהם הצליחו חבריה למלט את עצמם. שום דבר לא קשר אותה עוד אל ברלין. אבל לפני שתעזוב, היא רצתה "לסדר את ענייניה", כפי שכינתה זאת, ולדאוג לכך שתקבל לפחות פנסיה קטנה, כדי לא להיות לנטל על חבריה. אך כל זה כבר לא יצא אל הפועל. ג'ני וִוילדֶה הלכה לעולמה בברלין בשנת 1949.
"לא תוכל לתאר לעצמך עד כמה ברלין הרוסה. בית המדרש הוא עיי חורבות, אין חיים יהודיים… הספרייה של הקהילה היהודית כבר לא קיימת, אין מה לקוות פה לבנייה של חיים יהודיים".