לאחר שסיים את הכשרתו האקדמית בסמינר לרבנים בבְּרֶסְלַאוּ (היום ורוצלב, פולין) בהדרכתו של חוקר התלמוד הנודע ישראל לוי, קיבל את תואר הדוקטור שלו מאוניברסיטת ברסלאו בשנת 1898. את סמיכתו לרבנות קיבל בשנת 1899.
הקריירה האקדמית של אלבוגן החלה במשרת הוראה בפרשנות המקרא והיסטוריה יהודית בקולג'וֹ רבּיניקוֹ בפירנצה. בשנת 1902 מונה למרצה מן החוץ בבית המדרש בברלין, שם לימד בתחומים שונים ומילא תפקיד ניהולי במשך שנים רבות. אלבוגן היה פופולרי מאוד בקרב הסטודנטים, בעיקר מפני שהיה היחיד שארגן לסטודנטים סיורים לימודיים מחוץ לכותלי בית המדרש. הוא גם טיפח ידידות קרובה עם הספרנית ג'ני ווילדה.
בעבודתו האקדמית-מחקרית הוא התמקד בעיקר בהיסטוריה יהודית ובתולדות הליטורגיה היהודית. ספרו החשוב ביותר, "טקסי הפולחן היהודיים והתפתחותם ההיסטורית", שראה אור בשנת 1913, הוא מחקר מקיף על הליטורגיה היהודית, והוא נחשב עד היום לחיבור האקדמי היסודי ביותר בתחום הזה.
מחאה והתנגדות
לאחר עליית הנאצים לשלטון ב-1933, החלה רדיפה שיטתית של יהודים. היסטוריונים יהודים נפגעו כפליים מן הרדיפות הללו, שכן הם נאלצו גם להתמודד עם העובדה שהיסטוריונים גרמנים לא-יהודים ניסו יותר ויותר להפוך את הזכות לפרש את ההיסטוריה היהודית לזכות בלעדית שלהם. גם איסמר אלבוגן התמודד עם האתגר הזה. בשנת 1934 פרסם וילהלם גראו, "חוקר יהודים" ידוע בגרמניה הנאצית, את ספרו "אנטישמיות בימי הביניים המאוחרים: סופה של הקהילה היהודית של רגנסבורג, 1450-1519". ספר זה, שנע בין תיאור עובדתי לְהשמצות אנטישמיות, זכה לביקורת חריפה מצד אלבוגן ומצד היסטוריונים יהודים אחרים. בשנת 1935 כתב אלבוגן מאמר קצר על ספרו של גראו, בו טען כי הספר מציג את יהודי רגנסבורג כזרים וכמפחידים, ובנוסף לכך הוא חסַר כל אובייקטיביות מדעית. בשנת 1936 הגיב גראו בביקורת שלילית על אחד מספריו של אלבוגן, והדבר הגביר את המתחים בין שני החוקרים.
העימות הזה איננו רק המחשה להתנגדותם של היסטוריונים יהודים ל"מחקרי היהודים" הנאציים, אלא הוא אף מראה על אומץ לבו של אלבוגן, שנקט עמדה נגד "חוקרי יהודים" מובילים ועבודותיהם הלא מדעיות. בתקופה שבה התדיינות אקדמית-מדעית שוויונית כבר לא הייתה אפשרית, גילה אלבוגן תעוזה ראויה לציון בכך שהתבטא בפומבי נגד גראו.
בשנת 1938 כפו הנסיבות על אלבוגן לעזוב את גרמניה, וכך הסתיים עימותו הישיר עם גראו. הוא היגר לניו יורק וניסה להמשיך שם את עבודתו האקדמית. הוא הלך לעולמו בשנת 1943.
"עדיין חיים אנו בעולם של שנאה והרס; הרוח תתקן את נזקי האלימות. בעיקר באמצעות עבודה מדעית מעדנים את הניגודים ששוררים בתוך העמים ובונים גשרים מעם אחד למשנהו. בית המדרש שלנו יכול וצריך להשתתף באופן פעיל במשימה המשיחית הזו, בכך שיציג את חיי הרוח היהודיים בני אלפי השנים וימשיך אותם בכבוד. עדיין צפויה לנו דרך ארוכה מאוד בטרם נוכל לממש את האידיאל הזה, אבל הוא ניצב לפנינו בברור מאז ימיו הראשונים של בית המדרש שלנו .
