לאחר שעבד בעבודות שונות, בין השאר גם כפועל במפעל לנעליים, קיבל פביאן תפקיד כמזכיר בבית המדרש בשנת 1938. שם הוא התוודע אל ג'ני ווילדה, מנהלת הספרייה, שאת עבודתה המקצועית ואישיותה העריך מאוד – כמו שאפשר ללמוד מדברים מרגשים שכתב עליה בהמשך דרכו.
קץ הקהילה היהודית בברלין ובנייתה מחדש כחלק מקורות חייו של פביאן
עם פרוץ מלחמת העולם השנייה, החריפו האתגרים האישיים והמקצועיים שעימם נאלץ פביאן להתמודד. הוא מצא עבודה בנציגות הארצית של יהודֵי גרמניה (Reichsvertretung der Deutschen Juden) –ארגון שהנאצים כפו על יהודי גרמניה להקימו, ושימש אותם לצורך שליטה ביהודים וניהול חייהם. בשנת 1943 גורש פביאן עם משפחתו למחנה הריכוז טרזיינשטט. על אף התנאים המחפירים ששררו שם, הוא הצליח לשרוד ושב לברלין עם תום המלחמה. הוא התגייס למען בנייתה מחדש של הקהילה היהודית שם והקים את העיתון Der Weg ("הדרך"), שהיה מקור מידע חשוב לניצולי שואה. שמו של העיתון משקף את חוסר הוודאות שאפיין את החיים היהודיים בגרמניה שלאחר המלחמה: איש לא ידע אם החיים היהודיים ישתקמו, או אם מרבית הניצולים יהגרו מגרמניה.
פביאן פרסם מאמרים גם בעיתונים ישראליים ואמריקאיים, ונשא בכנסים שונים הרצאות על מצב היהודים בברלין ועל הדרכים לשפרו. אולם בסופו של דבר החליט הוא עצמו להגר – בלב כבד ובעיקר מתוך התחשבות במשפחתו, שכן הגיעה למסקנה שאין עוד עתיד בגרמניה ליהודים. בשנת 1949 היגר פביאן לניו יורק, שם התגורר עד מותו בשנת 1974.
כשהלכתי ברחובות בבוקר ה-9 בנובמבר, ראיתי את החנויות היהודיות ההרוסות וראיתי כיצד בעלי החנויות מנקים" מהרחובות את הרסיסים של כל מה שהוחרב ונופץ ומנסים להגן על מה שלא הוחרב או נשדד. עד מהרה שמעתי גם על שריפת בתי הכנסת והחרבת דירות של יהודים. בית הכנסת החדש באוֹראניֶנבּוּרגֶר-שטראסה ומשרדי הקהילה היהודית אמנם לא נפגעו, אך בתי כנסת אחרים נשרפו עד היסוד או עדיין בערו."