הוא נולד בברלין בשם גֶרהארד ופנה בגיל צעיר ללימודי היהדות והלשון העברית – החלטה שפירושה היה נתק עם בית הוריו החילוני והמתבולל. שלום החל את הקריירה האקדמית שלו באוניברסיטת יֶנַה, שם למד מתמטיקה ופילוסופיה. אולם עד מהרה עבר לאוניברסיטת מינכן כדי להתרכז בלימודי יהדות ושפות אוריינטליות. משנת 1917 למד שולם באוניברסיטה ע"ש הומבולדט בברלין, בין היתר אצל מרטין בובר.
בשנת 1923 היגר שלום ארצה, ופעל למען התנועה הציונית. בירושלים המשיך במחקריו ובשנת 1925 הצטרף אל צוות ההוראה של האוניברסיטה העברית שזה עתה קמה. שם ייחד את זמנו לחקר הקבלה, שעד אז התעלמו ממנה במידה רבה באקדמיה.
עבודותיו של שולם חוללו מהפך בהבנת המיסטיקה היהודית. הוא טען שהקבלה היא חלק בלתי נפרד מההיסטוריה ומהתרבות היהודית, וכי היא איננה בבחינת זרם רעיוני שולי או כפירה, כפי שהניחו עד אז. מחקריו חשפו את המורכבות והעומק של המסורות והטקסטים הקבליים. אין עוררין על כך ששולם השפיע עד מאוד על לימודי היהדות ועל לימודי הקבלה. לעבודותיו הייתה השפעה ארוכת-טווח על ההבנה המודרנית של היהדות ושל המסורות המיסטיות שלה, וכתביו ומחקריו נותרו חלק מהותי מלימודי היהדות ומחשבת ישראל בכלל.
פעילותו של שלום לשימור אוצרות תרבות יהודיים
גרשם שלום תרם תרומה מכרעת להצלת נכסי תרבות יהודיים שנבזזו על ידי הנאצים במהלך מלחמת העולם השנייה. כחבר רב-השפעה בוועדה להצלת אוצרות הגולה שהוקמה באוניברסיטה העברית במארס 1944, הוא עבד בשיתוף פעולה הדוק עם אישים רבים, ביניהם מרטין בובר, בן ציון דינור, גוטהולד וייל ומשה דוד קאסוטו. הוועדה פעלה בהשראת קריאתו של ההיסטוריון סֶסיל רוֹת, שהדגיש כבר באפריל 1943 את חשיבות "פדיון השבויים", ורמז בכך על אפשרות של העברת נכסי תרבות יהודיים שבזזו הנאצים לידי האוניברסיטה העברית.
בנוסף לכך, היה שלום קשור ל"וועדה לשיקום התרבות היהודית האירופית" (CEJCR), שנוסדה בניו יורק בשנת 1944, ובאפריל 1947 ששינתה את שמה ל"תקומה לתרבות ישראל" (JCR). בראשותו של סאלו ברון, אחד מן ההיסטוריונים היהודיים החשובים של תקופתו, ועם חנה ארנדט כמנהלת אדמיניסטרטיבית, הארגון שם לו למטרה לפעול בשטח הכיבוש האמריקאי בגרמניה כדי לאסוף נכסי תרבות יהודיים שנגנבו על ידי הנאצים ולתבוע כי יעברו לידי כלל הקהילה היהודית, ואז לחלקם בין מרכזים יהודיים שונים ברחבי העולם. על פי התוכנית שגובשה, חילק הארגון עד תום פעילותו למעלה מחצי מיליון ספרים למוסדות יהודיים ולקהילות יהודיות; 40% מהספרים הללו הובאו לישראל באמצעות הוועדה להצלת אוצרות הגולה. שלום ושאר חברי הוועד פעלו בעניין זה גם במדינות שהפכו בשלב מאוחר יותר לחלק מהגוש הקומוניסטי, כולל צ'כוסלובקיה ופולין, משם הצליחו להביא לירושלים אלפים רבים של ספרים.